Kun nuori yhdysvaltalainen sotilas Jack Farmer (Luke Moran) saa asemapaikakseen surullisenkuuluisan Abu Ghraibin vankilan Irakissa, hänen isänmaallisuutensa joutuu koetukselle. Sodankäynnin realiteetit osoittautuvat kaikkea muuta kuin kunniallisiksi, ja Jack joutuu todistamaan, millä tavalla Yhdysvaltain armeija kohtelee terroristeiksi epäilemiään vankeja.  

Vaikeaan asemaan ajautunut Jack päättää rikkoa vanginvartijoiden tärkeintä sääntöä. Hän ystävystyy syyttömyyttään vannovan vangin Ghazi Hammoudin (Omid Abtahi) kanssa, jota syytetään lukuisista verisistä pommi-iskuista. Boys of Abu Ghraib pureutuu sotaväkivallan väkevään ja ajankohtaiseen aiheeseen tavalla, joka ravistelee käsityksiämme uhreista ja sankareista.